এর আগেও একাধিক বিশেষ সম্মানে ভূষিত হয়েছেন অধ্যাপক চক্রবর্তী। স্বাস্থ্য পরিষেবায় স্বল্প খরচে বিভিন্ন রোগ নির্ণয়ে গুরুত্বপূর্ণ অবদানের জন্য তিনি ইতিমধ্যেই ইউনেসস্কোর পৃষ্ঠপোষকতায় ‘দ্য ওয়ার্ল্ড অ্যাকাডেমি অফ সায়েন্স’-এর বিশেষ পুরস্কার, ‘ইনফোসিস পুরস্কার-২০২২’, ‘শান্তিস্বরূপ ভাটনগর সম্মান’-সহ একাধিক পুরস্কার পেয়েছেন। ২০২৩ সালে তিনি উচ্চশিক্ষায় জাতীয় শিক্ষক সম্মান পেয়েছেন। ২০২৪ সালে এশিয়ার সেরা ১০০ বিজ্ঞানীর তালিকাতেও তিনি জায়গা করে নিয়েছিলেন।